基督教的教义源于《圣经》，全能神教会的教义源于神创世以来所作的律法时代、恩典时代和国度时代这三步作工中所发表的一切真理。也就是说，新旧约圣经与末世重归的主耶稣——全能神所发表的国度时代的圣经——《话在肉身显现》，就是全能神教会的基本信仰和教义。旧约圣经记载的是律法时代耶和华神颁布律法、诫命，带领人类生活的工作；新约圣经记载的是主耶稣在恩典时代所作的救赎工作；《话在肉身显现》是全能神在国度时代所发表的洁净、拯救人类的一切真理，是神作末世审判工作的纪实。全能神教会的基本信仰，就是神在三步作工中的所有发声说话，也就是神在三步作工中所发表的一切真理，这才是全能神教会的基本信仰与教义。
